医保定点药店申请流程，具体如下：
1、定点申请
零售药店提出定点申请，医保经办机构即时受理。对申请材料内容不全的，医保经办机构自收到材料之日起5个工作日内一次性告知零售药店补充；
2、综合评估
医保经办机构组织评估小组或委托符合规定的第三方机构，以书面、现场等形式开展评估。评估小组成员由医疗保障、医药卫生、财务管理、信息技术等专业人员构成。自受理申请材料之日起，评估时间不超过3个月，零售药店补充材料时间不计入评估期限。评估内容包括：
（1）核查药品经营许可证、营业执照和法定代表人、企业负责人或实际控制人身份证；
（2）核查执业药师资格证书或药学技术人员资格证书及劳动合同；
（3）核查医保专（兼）职管理人员的劳动合同；
（4）核查与医疗保障对应的内部管理制度和财务制度；
（5）核查与医保有关的信息系统是否具备开展直接联网结算的条件；
（6）核查医保药品标识；
（7）核查药店面积。
评估结果包括合格和不合格。对于评估不合格的，应告知其理由，提出整改建议。自结果告知送达之日起，整改3个月后可再次组织评估，评估仍不合格的，1年内不得再次申请；
3、对外公示
对于评估合格的，医保经办机构纳入拟签订医保协议的零售药店名单，并将名单在市级医保行政部门门户网站进行公示，公示期为5个工作日；
4、协商谈判和安装信息系统
经公示无异议后，医保经办机构与拟签订医保协议的零售药店协商谈判，达成一致的，零售药店按规定安装医保信息系统；
5、签订医保协议
医保信息系统安装后运行正常的零售药店，签署诚信服务承诺书，医保经办机构与其签订医保协议；
6、信息公布
医保经办机构向社会公布签订医保协议的定点零售药店信息，包括名称、地址等，供参保人员选择。
综上所述，医保定点药店申请流程包括定点申请、综合评估、对外公示、协商谈判和安装信息系统、签订医保协议、信息公布。
【法律依据】：
《零售药店医疗保障定点管理暂行办法》第五条
取得药品经营许可证，并同时符合以下条件的零售药店均可申请医疗保障定点：
（一）在注册地址正式经营至少3个月；
（二）至少有1名取得执业药师资格证书或具有药学、临床药学、中药学专业技术资格证书的药师，且注册地在该零售药店所在地，药师须签订1年以上劳动合同且在合同期内；
（三）至少有2名熟悉医疗保障法律法规和相关制度规定的专（兼）职医保管理人员负责管理医保费用，并签订1年以上劳动合同且在合同期内；
（四）按药品经营质量管理规范要求，开展药品分类分区管理，并对所售药品设立明确的医保用药标识；
（五）具有符合医保协议管理要求的医保药品管理制度、财务管理制度、医保人员管理制度、统计信息管理制度和医保费用结算制度；
（六）具备符合医保协议管理要求的信息系统技术和接口标准，实现与医保信息系统有效对接，为参保人员提供直接联网结算，建立医保药品等基础数据库，按规定使用国家统一医保编码；
（七）符合法律法规和省级及以上医疗保障行政部门规定的其他条件。
