项目经理变更不备案有效，现在已经取消了建设施工合同的备案制度，招标人只需向工程所在地的县级建设行政主管部门提交施工招标投标情况的书面报告。但项目经理变更的情形必须是甲方同意或要求更换、不可抗力等。
【本文关联的相关法律依据】
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十四条
依法必须进行施工招标的工程，招标人应当自确定中标人之日起15日内，向工程所在地的县级以上地方建设行政主管部门提交施工招标投标情况的书面报告。书面报告应当包括下列内容：
（一）施工招标投标的基本情况，包括施工招标范围、施工招标方式、资格审查、开评标过程和确定中标人的方式及理由等。
（二）相关的文件资料，包括招标公告或者投标邀请书、投标报名表、资格预审文件、招标文件、评标委员会的评标报告（设有标底的，应当附标底）、中标人的投标文件。
