电子专用和纸质专用的区别如下：
1、介质不一样：
普通纸质是以纸张的形式呈现的；
而电子多以数字化方式呈现。
2、保存方式不一样：
普通纸质需要保存好纸质，电子只需保存电子档，必要的时候再打印，可以避免因丢失纸质带来的诸多不便；
3、成本不同：
与传统纸质相比，电子管理系统可以在线开票，节省工本费、税控机成本以及相关人力成本；
4、联次不同：
纸版专票有三联版和六联版，基本联次为三联：第一联为记账联，是销售方记账凭证；第二联为抵扣联，是购买方的扣税凭证；第三联为联，是购买方的记账凭证。
电子专票只有一联，销售方和购买方都一样。
5、冲红操作不同：
纸版专票的冲红比较繁琐，要考虑蓝字专票是否已经交给购买方、购买方是否已经抵扣进项税额、已交给购买方但购买方未抵扣的是否退还给销售方等若干种情形，进而再决定《开具红字专用信息表》的开具方。
电子专票的冲红更加简洁，不再考虑电子专票是否已经交付给购买方，只看电子专票是否已经抵扣，已经抵扣进项的，由购买方开具《信息表》，未抵扣的由销售方开具《信息表》。
法律依据：《中华人民共和国管理办法实施细则》第三条
的基本联次包括存根联、联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。
省以上税务机关可根据管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除联以外的其他联次，并确定其用途。第七条全国统一的防伪措施由国家税务总局确定，省税务局可以根据需要增加本地区的防伪措施，并向国家税务总局备案。
防伪专用品应当按照规定专库保管，不得丢失。次品、废品应当在税务机关监督下集中销毁。第十条监制的税务机关根据需要下达印制通知书，被指定的印制企业必须按照要求印制。
印制通知书应当载明印制企业名称、用票单位名称、名称、代码、种类、联次、规格、印色、印制数量、起止号码、交货时间、地点等内容。
