有限公司申请破产清算清算的是公司的实际资产。
公司申请破产的，会成立清算组对公司的实际财产进行清理，并分别编制资产负债表和财产清单。清算后所得的财产会用来缴所欠税款以及清算过程中产生的税款还有公司所欠债务。
一、公司清算后债务怎样处理？
公司清算后债务在支付清算费用、职工的工资、社保保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款后清偿。
根据《公司法》第一百八十六条的规定，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
二、公司破产员工怎么安置
成立清算组，清算组的职责有清理公司财产，分别编制资产负债表和财产清单；通知、公告债权人；处理与清算有关的公司未了结的业务；清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款；清理债权、债务；处理公司清偿债务后的剩余财产；代表公司参与民事诉讼活动。
三、公司法规定的清算组的职责是什么
清算组在清算期间职责包含：1、清理公司财产，分别编制资产负债表和财产清单；2、通知、公告债权人；3、处理与清算有关的公司未了结的业务；4、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款；5、清理债权、债务；6、处理公司清偿债务后的剩余财产；7、代表公司参与民事诉讼活动。
【本文关联的相关法律依据】
《公司法》第一百八十三条，公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。
有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。
逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民指定有关人员组成清算组进行清算。人民应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
