法律分析：员工在公司犯罪中是否应该主动配合调查取证，涉及到员工的权利和义务。根据相关法律规定，员工应该积极配合调查以帮助法律机构查明事实。
法律依据：
1.《刑事诉讼法》第七十二条规定：“被害人、证人、鉴定人、翻译人、辩护人、代理人、诉讼参与人和被告人有义务协助调查机关查清案件事实，提供有关证据和线索。”
2.《民事诉讼法》第五十三条规定：“当事人有协助人民收集证据的义务，对收集的证据应当予以协助。”
3.《劳动合同法》第五十一条规定：“劳动者有义务维护用人单位的商业秘密，不得泄露。”
4.《公司法》第一百七十七条规定：“公司应当按照有关规定保守商业秘密。”
根据以上法律依据，员工在公司犯罪中有义务协助调查机关查清案件事实，提供有关证据和线索，同时应当维护公司的商业秘密，不得泄露。因此，在公司犯罪中，员工应该主动配合调查，积极提供有关证据和线索，并维护公司的商业秘密。
