确认合同效力案件不能调解。因为依据《民事诉讼法司法解释》第一百四十三条的规定，合同效力确认的诉讼属于确认之诉，是不适用调解制度的，应由进行判决。
一、确认合同效力的诉讼时效
一份合法有效的合同是合同双方当事人合作共赢的良好开端，合法有效合同的内容也是合同纠纷产生的根源，而如果一份合同在效力上出现问题，如无效，那么此合同内容作废不存，合同纠纷不在，那么就谈不上任何合同纠纷的诉讼时效问题。
因此，建议相关人员在签订合同时，重点关注合同是否违反法律法规的禁止性规定，否则，在实际生活中，因合同违法导致合同无效的例子数不胜数，这些无效合同最终会导致相关合法权益难以得到保障。综上，合同有效是一切合同事宜的开端，只有合法有效的合同才能确认诉讼时效。
《民法典》第一百八十向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过
二、确认合同效力纠纷如何收费
《民法典》中确认合同效力纠纷收费标准为：
财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照下列比例分段累计交纳：
（一）不超过1万元的，每件交纳50元；
（二）超过1万元至10万元的部分，按照2.5%交纳；
（三）超过10万元至20万元的部分，按照2%交纳；
（四）超过20万元至50万元的部分，按照1.5%交纳；
（五）超过50万元至100万元的部分，按照1%交纳；
（六）超过100万元至200万元的部分，按照0.9%交纳。
《民事诉讼法》
第一百一十诉讼费用的种类和交纳当事人进行民事诉讼，应当按照规定交纳案件受理费。财产案件除交纳案件受理费外，并按照规定交纳其他诉讼费用。当事人交纳诉讼费用确有困难的，可以按照规定向人民申请缓交、减交或者免交。收取诉讼费用的办法另行制定。
