员工迟到按照以下方式处理：对其迟到造成的经济损失有权按照合同约定扣除相应的工资作为处罚；员工的违纪行为经积累达到严重违纪的程度时，用人单位可以按照合同约定与其解除劳动合同。
【法律依据】
《工资支付暂行规定》
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《劳动合同法》
第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）严重违反用人单位的规章制度的；
（二）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（三）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。
员工迟到一两分钟该不该扣钱
员工迟到一两分钟不该扣钱
劳动法没有规定劳动者上班迟到用人单位应当怎么处罚劳动者，但是劳动法规定劳动者应当严格遵守公司的规章制度。（当然，公司的规章制度必须在法律允许的范围内）所以根据公司的规章制度以及时间对劳动者以及劳动环境的影响酌情处理。如果时间对劳动工作十分宝贵，迟到一两分钟就算是迟到可能还会承担相应的责任。如果时间对劳动工作一般重要那么就不会算是迟到，也不应当对其进行惩罚。不能对起其进行罚款，所以这个是看公司章程和工作内容的，一般来说，一两分种的迟到是没有问题的，不用太担心的。
员工迟到公司有权扣钱吗
员工迟到公司有权扣钱需要视具体情况而定。如果用人单位已依法在规章制度中明确上班迟到早退要扣工资，且规章制度已进行公开公示并告知员工的，那么出现上班迟到早退扣钱是合法的。
用人单位没有相关规章制度，或没有将相关规章制度进行公开公示并告知员工的，那么就不能以上班迟到早退为由扣工资，否则属于违法行为。
《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法（2012修订）》第三十九条 【用人单位单方解除劳动合同(过失性辞退)】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。 该内容由 周琦律师 和 律说律答 共创回答
