法律分析：如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于其他原因而没有提起诉讼的就会留下案底。
法律依据：《刑事诉讼法》第十六条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
(二)犯罪已过追诉时效期限的；
(三)经特赦令免除刑罚的；
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
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