擅自发行公司债券罪的惩罚有：单位犯该罪的，对单位处罚金，并对其直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役；自然人犯该罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一到五的罚金。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》第一百七十九条
未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
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