在处理行政合同变更后的争议时，首先要查看合同中是否有关于变更的条款，如果有，双方应按照条款约定执行。如果没有相关条款，双方可以协商达成一致意见，重新签订变更协议。如果无法协商一致，可以寻求第三方调解或仲裁机构进行调解或裁决。若仲裁也无法解决争议，双方可诉诸解决纠纷。
在实际操作中，建议管理者在签订合同时就明确约定变更条款，包括变更的程序、条件、方式等，以避免后期争议。同时，管理者应保留合同变更的所有书面证据，确保能够在争议发生时提供充分的证据支持自己的主张。
在处理争议时，管理者可以参考相关法律法规、案例以及专业意见，确保自己的权益不受损害，同时也要注重维护与合作伙伴的关系，尽量通过友好协商解决纠纷，避免造成双方利益损失。
举例来说，如果双方在合同中约定了变更条款，但在具体操作过程中发生了分歧，管理者可以先尝试通过内部协商达成一致意见，如果仍无法解决，可以寻求专业法律意见，并根据法律规定的程序进行处理，最终可能需要通过仲裁或解决争议。
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