在行政合同终止后，双方仍然存在争议时，可以通过仲裁或诉讼等方式解决。在中国，行政合同属于行律关系，因此争议一般可以向相关行政机关投诉或申请行政复议。如果行政机关不能解决争议，双方当事人可以选择通过仲裁或诉讼途径解决争议。
对于选择仲裁还是诉讼，需要根据具体情况来决定。一般来说，仲裁程序相对快捷，保密性好，仲裁裁决具有强制执行力；而诉讼程序公开透明，裁决具有强制执行力。双方当事人可以根据争议的性质、金额大小、时间成本等因素来选择合适的解决方式。
在实际操作中，如果双方选择仲裁解决争议，可以根据合同约定或双方协商选择具有仲裁资格的仲裁机构进行仲裁。如果双方选择诉讼解决争议，可以向人民提起诉讼。在诉讼中，双方将提交证据、进行辩论，并最终由做出裁决。
总之，行政合同终止后可以通过仲裁或诉讼等方式解决争议，具体选择仲裁还是诉讼需要根据情况综合考虑，确保最终能够维护自身合法权益。
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