沙眼衣原体可以通过衣服、浴器、便具等途径，以及通过性接触传染给他人，引起男女泌尿生殖系统的感染，能引发男女急性尿路综合征，同时也是男性非淋菌性尿道炎、附睾炎最常见的病原菌。同理也会引发妇科炎症，如宫颈炎、阴道炎、尿道炎，甚至可能引起急、慢性输卵管炎和盆腔炎等。同时，沙眼衣原体生殖感染性疾病起源于宫颈管，可波及腹腔，于输卵管内腔、伞端以及周边发病，造成粘连，以致对拾卵和输送卵的功能产生不良影响，进而可妨碍妊娠，导致不孕。
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